1. Khóa chức năng Autorun
Autorun là một tính năng của Windows cho phép các chương trình lưu trên thiết bị lưu trữ bên ngoài tự chạy khi kết nối với máy tính. Để giữ an toàn cho dữ liệu đang được lưu trên máy tính, bạn nên khóa chức năng Autorun để tránh lây nhiễm các chương trình có hại đang lưu trong ổ USB khi kết nối với máy tính.
Nếu bạn đang sử dụng Hệ Điều Hành Windows 7, bạn không cần quan tâm làm thế nào để tắt chức năng này vì trong Windows 7 đã tự tắt chức năng AutoRun ngoại trừ khi bạn cho các đĩa CD, DVD chứa âm thanh và hình ảnh vào ổ quang của máy tính. Nếu bạn vẫn đang sử dụng hệ điều hành Windows XP hoặc Windows Vista bạn nên cập nhật bản vá KB971029 để được bảo vệ như Windows 7.
2. Quét virus cho ổ USB
Thậm chí khi chức năng AutoRun đã bị khóa thì bạn vẫn có khả năng bị nhiễm virus đang để chế độ ẩn trong ổ USB của bạn. Nếu chương trình diệt Virus của bạn cho phép quét virus tự động khi cắm, bạn hãy chọn chế độ này. Nếu không có bạn có thể sử dụng chương trình chống virus cài sẵn trong máy tính để quét.
Đầu tiên mở My Computer, chuột phải vào ổ USB, chọn mục quét virus bạn của phần mềm Antivirus đã cài. Ví dụ nếu bạn cài phần mềm Avira Antivirus bạn chọn Scan selected files with AntiVir. 
3. Tránh làm việc trực tiếp với dữ liệu lưu trên ổ USB 
Thật thuận tiện khi làm việc mang theo dữ liệu lưu trên ổ USB và sử dụng ngay trên ổ. Tuy nhiên, bạn cần biết rằng mỗi ổ USB chỉ có thể thực hiện khoảng 10000 thao tác ghi và xóa dữ liệu là hết khả năng sử dụng. Do vậy, bạn không nên lưu trực tiếp dữ liệu lên ổ USB khi thao tác. Bạn có thể kéo và thả lên màn hình máy tính, sửa chữa trên đó, sau khi hoàn tất bạn có thể cắt, copy trở lại ổ USB. Làm theo cách này bạn có ngay một bản dự phòng trên ổ USB tránh trường hợp bị lỗi dữ liệu trong khi vẫn thao tác với dữ liệu lưu trên màn hình máy tính.
Trong trường hợp bất khả kháng bạn làm việc ở máy tính có nhiều người sử dụng, bạn không muốn người khác biết bạn vừa làm gì với dữ liệu từ ổ USB thì bạn nên thao tác ngay trên ổ USB. Tuy nhiên bạn cần lưu ý khi sử dụng ổ USB ở máy tính lạ thì nguy cơ lây nhiễm virus là rất cao. Vì vậy, sau khi sử dụng ổ USB ở máy tính lạ, bạn nên sử dụng máy tính có độ tin tưởng cao, được cập nhật nhận diện virus mới nhất để quét lại ổ USB của mình.
4. Rút ổ USB khỏi máy tính theo cách an toàn
Cách an toàn khi rút ổ USB khỏi máy tính là bạn phải thoát “mềm” ổ USB ra khỏi phiên làm việc hiện thời của Windows bằng cách xuống thanh taskbar, kích chuột trái vào biểu tượng ổ USB, chọn Eject Mobile Disk hoặc Eject Mass Store Device trong Windows 7, trong Windows XP sẽ báo là Safely Remove USB Mass Storage Device. Nếu không làm thao tác thoát “mềm” này thì bạn sẽ có nguy cơ bị lỗi dữ liệu đang mở trực tiếp trên ổ USB. 
Nếu bạn nhận được báo lỗi “> This device is currently in use (…),” có nghĩa là bạn vẫn đang có tệp tin, thư mục hay chương trình nào đó lưu trong ổ USB của bạn đang được mở. Bạn nên tắt các chương trình đang mở và thử lại. Nếu không có tác dụng, bạn nên khởi động lại máy tính và rút ổ USB trước khi hệ điều hành Windows khởi động.
5. Một số lưu ý trong quá trình sử dụng ổ USB
Mặc dù không dễ dàng bị lỗi phần cứng như các ổ cứng thông thường nhưng ổ USB vẫn là một thiết bị phần cứng và cần sử dụng cẩn thận, đúng cách. Bạn cố gắng không để ổ USB bị rơi, bị va đập, tránh xa khỏi nước, và đừng để ở nơi có nhiệt độ quá cao.
Trong trường hợp không may ổ USB bị rơi vào nước, tuyệt đối không được cắm vào máy tính cho đến khi chắc chắn ổ đã được sấy khô hoàn toàn nếu không có thể gây ra hiện tượng đoản mạch gây hư hỏng không chỉ ổ USB mà cả phần cứng của máy tính. Khi ổ USB bị dính nước, bạn nên để ở nơi khô và ấm ít nhất là 48 giờ (cao nhất là 40 độ, nếu để nhiệt độ quá cao có thể gây hỏng mạch) hoặc bạn có thể dùng máy sấy để ở nhiệt độ vừa phải. 
Bạn cũng nên nhớ ổ USB ưu điểm là nhỏ gọn nhưng chính điều đó lại làm bạn rất dễ quên khi sử dụng ở máy tính khác. Bạn có thể gắn thêm cho ổ USB của mình một dây móc (ví dụ như dây móc của chìa khóa) để tránh để quên hoặc cho vào máy giặt.